El futuro lejano, 5012. La repentina invasión aérea de la Tierra por parte de los extraterrestres y sus creaciones, formas de vida mecánicas, llevó a la humanidad al borde de la extinción. El número superviviente de humanos que se refugiaron en la luna para organizar un contraataque utilizando soldados androides para recuperar la Tierra. Sin embargo, la guerra llega a un punto muerto a medida que las formas de vida mecánicas continúan multiplicándose infinitamente. A su vez, la humanidad despliega una nueva unidad de soldados androides como arma definitiva: YoRHa. Recién enviado a la Tierra, 2B se une a 9S, el analista actualmente estacionado allí, donde en medio de su misión, se encuentran con una miríada de fenómenos misteriosos... Esta es la historia de estos androides sin vida y su interminable lucha por el bien de la humanidad.
