Después de la batalla frente a Orpheus Order y con Jin habiendo perdido su memoria, Kaito se convierte en un estudiante de segundo año y se dirige a Inglaterra. Al visitar una iglesia de su infancia, Jin y Kaito se toparan con Raetsel, una chica a quien reconocen sólo por su nombre. Pero su primer encuentro de inmediato se transforma en una batalla. Mientras tanto, en la escuela, la misteriosa influencia de Gammon y Enigma comenzara a involucrar a Kaito y a cada uno de sus amigos, pero de alguna manera termina regresando todo de nuevo a Raetsel. ¿Cuál es su participación en el presente? ¿El misterio de Phi-Brain será revelado en su totalidad? ¿Las respuestas se encuentran en la memoria de Jin? Averigüe las repuestas a estas y demás preguntas en el emocionante final de la PHI-BRAIN.