Desde que era pequeño, Takashi Natsume ha podido ver lo que otros no podian, es decir, espiritus monstruosos conocidos como Yokai. La difunta abuela de Natsume, Reiko, desafiaria a Yokai a los concursos y los que perdieron tuvieron que firmar un contrato con ella, vinculando sus nombres a su "Yujin-cho". Desde que Natsume ha heredado el libro, junto con Nyanko Sensei, su autoproclamado guardaespaldas, pasa sus dias tratando de devolver los nombres dentro del libro a sus dueños. Natsume ha estado ocupado, navegando entre humanos y Yokai cuando casualmente se reune con un viejo compañero de clase, Yuki. Trae recuerdos dolorosos de un cierto Yokai. Mientras tanto, Natsume también conocio a Yorie Tsumura, una mujer en los recuerdos de un Yokai cuyo nombre habia devuelto. Yorie sabia mucho sobre Reiko, pero ahora vivia en paz con su unico hijo, Mukuo. Estar con esta familia fue reconfortante para Natsume, pero aparentemente un misterioso Yokai ha estado acechando en su ciudad. En el camino de regreso de la investigacion, una "semilla Yokai" que se habia enganchado a Nyanko Sensei cae en el jardin de los Fujiwaras y crece hasta convertirse en un arbol frutal. Cuando Nyanko Sensei come una fruta que tiene la forma de el, ¡de repente se divide en tres!
