Esta historia volverá a adaptar desde el principio el manga. Himura Kenshin, un vagabundo con un pasado oscuro, llega a Tokio durante la era Meiji. Allí se hace amigo de una maestra de Kendo, un exladrón, un luchador y un médico, cada uno con sus propios secretos. Juntos, combaten a los enemigos que surgen del pasado oscuro de Kenshin, del cual no puede escapar.
